أفتى د.يوسف القرضاوي، رئيس اتحاد علماء المسلمين، بعدم جواز تصويت المسلمين في جنوب السودان لصالح الانفصال عن شماله، مطالبا المسلمين والعرب بالتكاتف وإنشاء كيان كبير، يوحدهم ويلم شملهم أكبر من الجامعة العربية ومنظمة المؤتمر الإسلامي. وقد بث الموقع الرسمي للشيخ د.يوسف القرضاوي هذه الفتوى التي جاءت ردا على سؤال تلقاه عبر برنامج تلفزيوني، حول الدور الذي يلعبه اتحاد العلماء للحيلولة دون وقوع انفصال الجنوب وانقسام السودان، وهل يجوز شرعا للمسلم السوداني الذي له حق التصويت ان يصوت لصالح الانفصال؟ وأجاب د.القرضاوي: «لا يجوز للمسلم السوداني ان يصوت لصالح الانفصال، لأن الانفصال دائما وراءه الشر، والآن الغرب في عالم الاتحاد والتكتل، ونحن في عالم يتشرذم للأسف، السودان هذا البلد الكبير عليه مكائد لا تريد للسودان أن يبقى».