أجرى الاتحاد الافريقي لكرة القدم تعديلا استثنائيا على تصفيات كأس امم افريقيا المقررة نهائياتها عام 2013 في ليبيا وذلك لقصر الفترة بين نسختي 2012 في الغابون وغينيا الاستوائية و2013 بسبب الانتقال من اقامة البطولة من الاعوام الزوجية الى الفردية. واوضح الاتحاد الافريقي في بيان على موقعه على شبكة الانترنت ان التعديل استثنائي على قوانين التأهل الجاري بها العمل في النسخ الاخيرة، مشيرا الى ان نسخة 2015 ستشهد العودة الى نظام التصفيات الحالي والذي يتضمن بطولة مصغرة من خلال توزيع المنتخبات على مجموعات. وتابع البيان لذلك تقرر التالي: الدول غير المؤهلة الى نهائيات الغابون وغينيا الاستوائية 2012 ستخوض دورا اول بنظام الاقصاء المباشر يتأهل على ضوئها 15 منتخبا الى الدور الثاني، وحدد الاتحاد الافريقي الفترة بين 15 يناير و15 فبراير 2012 موعدا لاجراء الدور الاول.واذا اقتضت الضرورة، وفي حال كان عدد المنتخبات المسجلة لخوض التصفيات يتجاوز 45 منتخبا، فستتم اقامة دور تمهيدي. وفي هذه الحالة، سيتم اعتماد تصنيف الاتحاد الدولي لاختيار المنتخبات التي ستخوض الدور التمهيدي. وسيكون الدور الثاني بنظام الاقصاء المباشر، حيث تلتقي المنتخبات الـ 15 التي تأهلت عن الدور الاول مع المنتخبات الـ 15 التي شاركت في نهائيات كأس امم افريقيا 2012 (باستثناء ليبيا البلد المضيف لنسخة 2013 والمؤهلة تلقائيا) بعد عملية سحب قرعة.
واذا تأهلت ليبيا الى نسخة 2012، فإن المنتخبات الـ 15 الاخرى ستخوض مباشرة الدور الثاني المؤهل الى نسخة 2013. أما اذا لم تتأهل ليبيا الى نسخة 2013، فإن الغابون وغينيا الاستوائية ستخوضان دورا فاصلا (ذهاب واياب) على ان يخوض المنتخب الفائز الدور الثاني من التصفيات.