كشفت تحقيقات نيابة أمن الدولة العليا في خليتي تنظيم داعش والتي تضم 48 إرهابيا أحيلوا إلى القضاء العسكري لارتكابهم جرائم تفجير الكنائس الثلاث (البطرسية بالعباسية والمرقسية بالأسكندرية ومارجرجس بالغربية) وقتل والشروع في قتل مرتاديها والهجوم على كمين النقب أن عددا من المتهمين هم من عناصر الجماعة الإرهابية المسماة بـ «ولاية سيناء» وأنهم رصدوا أديرة وكنائس واحتفالات تتعلق بأعياد المواطنين المسيحيين تمهيدا لاستهدافها، وأن المتهمين اعتمدوا على تمويل مالي وأسلحة نارية ومدافع وقذائف صاروخية تم تهريبها عبر الحدود الغربية للبلاد بواسطة أعضاء من جماعة (ولاية طرابلس) بليبيا.
هذا وقد أشرف على التحقيقات المستشار خالد ضياء الدين المحامي العام الأول لنيابة أمن الدولة العليا، وترأس فريق المحققين المستشار محمد وجيه المحامي العام بالنيابة، وباشر التحقيق فريق موسع من رؤساء ووكلاء النيابة ضم إسلام حمد وأحمد عمران أحمد الضبع ومحمد جمال وأحمد الصاوي ومحمود حجاب ويحيى مروان.