حمَّل مؤسس ومفتي جماعة الجهاد في مصر السيد إمام الشريف والملقب بين الجهاديين بـ «الدكتور فضل» تنظيم القاعدة وحركة «طالبان» المسؤولية الكاملة عما لحق بالمسلمين من كوارث، وعبر عن معارضته لبناء مسجد قرب موقع هجمات 11 سبتمبر في نيويورك، وداعيا الى عدم الأخذ بدعوة الإمام الأميركي من أصل يمني انور العولقي الى قتل الأميركيين.
وفي تجديد لمراجعات ترشيد الجماعة التي كان أطلقها في عام 2007، أصدر «الدكتور فضل» الذي يمضي حكما بالسجن في سجن المزرعة بضاحية طرة (جنوب القاهرة) منذ تسلمه من اليمن عام 2002، بيانا يهاجم زعيم القاعدة أسامة بن لادن والظواهري، إضافة إلى زعيم حركة طالبان الأفغانية الملا عمر معتبرا أنهم «مجموعة من المغامرين استخدموا الإسلام للتغطية على أطماعهم الشخصية»، وحملهم المسؤولية الكاملة عما لحق بالمسلمين من «كوارث» في كل من أفغانستان وباكستان والصومال والعراق.
وفي البيان الذي نشرته صحيفة «الحياة» اللندنية وحمل عنوان «كلمة من الدكتور فضل في شأن مسجد نيويورك وإحراق المصحف في الذكرى التاسعة لتفجيرات 11 سبتمبر» جدد فيه السيد إمام تأكيده ان هذه التفجيرات «مخالفة لتعليم الإسلام لما فيها من خيانة وغدر، وكانت كارثة تضرر منها المسلمون أكثر من غيرهم»، مشيرا إلى تفاصيل شرعية كان أوردها في وقت سابق في كتابه «وثيقة ترشيد العمل الجهادي»، و«مذكرة التعرية لكتاب التبرئة».
وحمل زعيم «الجهاد» على بن لادن والقيادي في تنظيمه خالد شيخ محمد والملا محمد عمر مسؤولية هذه التفجيرات، ونبه إلى أن هؤلاء «إن خفي أمرهم على كل الناس فإنه لا يخفى على (فضل)، فقد كنت أنا شيخهم، ولكني قطعت صلتي بهم منذ عام 1993 لما تأكدت أنهم مجرد مجموعة من المغامرين الباحثين عن الشهرة والزعامة بأسرع وسيلة من دون مراعاة لتعاليم الإسلام ولا لأرواح البشر، ولكنهم استخدموا الإسلام للتغطية على أطماعهم الشخصية مستغلين جهل بعض المسلمين بدينهم».