أكد د زاهي حواس، الأمين العام للمجلس الأعلى للآثار بمصر، «أن هيئة الآثار المصرية ترفض الإعلان عن تفاصيل مخطوط «إنجيل يهوذا الإسخريوطي» احتراما لمشاعر الأقباط. وقال حواس «إن مصر استعادت من الولايات المتحدة المخطوط الوحيد في العالم من إنجيل يهوذا غير المعترف به من جميع الكنائس المسيحية في العالم، وإن هذه النسخة موجودة حاليا لدى الآثار المصرية. وكشف حواس عن «أن القيادة الكنسية في مصر اعترضت بشدة على تسلم مصر هذه النسخة، ومن جانبنا احترمنا رغبتهم في عدم الإعلان عن تفاصيل هذه النسخة، ونحن لا نريد سوى الاحتفاظ بها باعتبارها أثرا بغض النظر عن القضية الدينية، فهذا أمر لا يشغلنا». في المقابل، نفى القمص عبد المسيح بسيط، أستاذ اللاهوت الدفاعي بالكنيسة القبطية الأرثوذوكسية، أن تكون الكنيسة قد اعترضت على إعادة هذه النسخة إلى مصر. وقال: «بصفتي مسؤولا عن هذا الملف وغيره فيما يتعلق بالعقيدة الأرثوذوكسية أؤكد أن الكنيسة لم تعترض على هذه النسخة، ولم يخرج أي تصريح من أي قيادة في الكنيسة يحمل اعتراضا على هذا المخطوط، وان كل ما قيل عن اعتراضات قيادات الكنيسة على هذه النسخة إنما هو فرقعات إعلامية وصحافية».
وأكد حواس أن المجلس ليس له شأن بالجدل الديني حول هذا المخطوط. ومن البداية رفضنا أن نخوض فيما جاء به من مسائل تتعلق بالعقائد، كما أن المجلس يضم خبراء وعلماء ومفتشين في علوم الآثار لا رجال دين». وأضاف «نحن نسترد هذا المخطوط ليس لأننا نؤمن بما كتب فيه، وإنما لأن عمره بلغ أكثر من 1700 سنة. أي أنه مخطوط أثري ومكتشف في أرضنا، واسترداده يأتي كجزء من سياق استردادنا لآثارنا المسروقة المهربة إلى الخارج، والتي قمنا باسترداد عدد منها في السنين الأخيرة». وقال القمص عبد المسيح بسيط لـ «العربية.نت» «إن هذه النسخة مخطوط أثري، تم اكتشافه في مصر وخرج منها، وليس إنجيلا، ومن حق مصر استعادتها والاحتفاظ بها، وهذا لا يعني صحتها، فوجود الوثيقة شيء لكن صحتها كوحي إلهي شيء آخر». وأضاف القمص بسيط أن «الكنيسة كلفتني بالرد على هذه النسخة.